守旧势力无法彻底遏制湖南新势力的发展，但并不意味着他们不曾遏制。事实上，南学会的成立及其迅速发展，以及与湖南时务学堂相呼应，既有力地推动了湖南新政的发展进程，甚至对于全国正在兴起的救亡图存运动也起到良好的示范效应，当然也极容易引起旧势力的仇恨。
在南学会成立之初，便隐含有与旧势力分立的态势，湖南士林领袖人物王先谦因为陈宝箴对南学会的重视，在南学会第一次集会时曾经出席，他在此时似乎也自认为是能够跟上时代步伐的新派人物，南学会的一些主持人也把他视为同道，承认王先谦在“未变科举之前，将数百年讲时文之老著名书院（岳麓书院），而改定课章，以经义治事，分门提倡新学，树立先声，可谓难能矣。又虚心勤恳，自以译算非己所长，另筹经费，延聘学长以代之教士，用心亦良苦矣。”在开始阶段，南学会将王先谦视为新学同道，给予适度的尊重。然而随着南学会的发展，这种尊重越来越淡，而会中的新奇议论也引起了各方的不满，这自然也引起了王先谦的注意，促使王与南学会保持一定的距离。他曾对他的学生解释道：“学堂、学会，先谦皆曾到场。以学堂系奉旨建立，学会则中丞殷殷注意，随同前往，然皆仅到一次。因先谦事忙，并非有所避忌而不往也。学会议论新奇，因其刊入《湘报》，人人共见。始有辞而辟之者，先谦乃得以闻崖略。”所以当两个月后，南学会的负责人邀请王先谦在南学会进行演讲时，他并没有领情，而以“不耐此劳”予以婉拒。