两个多月后，上海反对“容共”的国民党人与跨党的共产党人之间因对当时正在进行的江浙战争态度不合，再度发生激烈冲突。冲突中，上海大学社会系学生、社会主义青年团团员黄仁被推下讲台摔伤致死。此事引发中共方面的激烈反应，除了通电和报刊言论痛加谴责外，国民党上海执行部在瞿秋白、毛泽东等委员的坚持下，通过了惩凶、抚恤等决议，宣布开除打人者童理璋、喻育之两人的党籍，并发表宣言，宣布参与和指使凶殴的国民党员为“国民之公敌”，指称其行为“为帝国主义及军阀奸细卖国卖民之反革命行动”。上海执行部宣言发表的次日，叶楚伧遭到张继等人的激烈指责。面对来自两方面的压力，叶楚伧递交辞呈，请求辞去上海《民国日报》总编辑职务，拒绝继续负责上海执行部的工作。叶楚伧辞职后，中共中央想趁机将上海执行部和上海《民国日报》更大程度地掌握在手。
中共内部不少人感到很难同国民党继续合作下去。谭平山声称，只要共产党员仍然和国民党捆在一起，共产党就一事无成。他举例说：国民党的工人部长参与镇压工人罢工，农民部长在工作时大抽其鸦片，令在工人部和农民部的中共党员无法开展工作；在黄埔军校，虽然有不少共产党人在里面担任职务，但都没有巩固的阵地，领导权完全掌握在国民党人手中；为了反抗商团叛乱，工人纠察队和农民自卫军希望能够领到武器，但孙中山就是不愿给。谭平山认为：“在不久的将来，我们很难同国民党再继续合作下去。我要说，我们最终只有两条路：要么消灭反革命的右派，根据国民党的纪律把他们开除出去，要么建立一个新的国民革命党。”